Floride, 2011, la jeune Jolyne Cujoh est emprisonnée pour avoir causé la mort d'une personne des suites d'un accident de voiture avec son petit ami Romeo. Ce dernier suppliant la jeune femme de ne pas révéler qu'il était au volant. Cependant, cet événement cachait un sombre complot dont Jolyne ignorait encore tout. C'est en prison qu'elle reçut un pendentif par son père, Jotaro Kujo, qui lui permit de développer son stand, Stone Free.

Jolyne est alors envoyée dans la prison de Green Dolphin, une prison pas comme les autres, où elle se fera une alliée en la personne d'Ermes Costello. C'est lors d'une visite de son père, qui ne lui a jamais vraiment accordé d'attention, qu'il lui apprend que son calvaire a été orchestré par un homme voulant venger Dio Brando et détruire la lignée Joestar.

C'est dans sa lutte contre le mystérieux stand ennemi Whitesnake, héritier de la volonté de Dio, que Jolyne va se battre et voir son groupe d'amis grandir au fil de cette dernière aventure par Foo Fighters, un plancton capable de posséder des corps humains, Weather Report, homme énigmatique et amnésique doté d'un stand climatique et le meurtrier Annasui.

Giorno Giovanna (GioGio et anciennement Haruno Shiobana) n'a jamais connu son père et vécut une enfance difficile avec un beau-père violent et une mère négligente. Cependant, sa vie bascula lorsqu'il sauva la vie d'un gangster qui fit de sa protection un point d'orgue. Depuis, Giorno a pour rêve de devenir une Gang-Star afin d’arrêter le trafic de drogues et les violences dans sa ville. C'est après avoir entraîné la mort de Leaky-Eye Luca que Giorno croisa la route de l'homme qui allait le faire entrer dans ce monde de la pègre, Bruno Bucciarati, membre de Passionne avec qui il se liera d'amitié.

A la suite d'un test d'admission tendu, il put enfin commencer son ascension dans la mafia italienne et rencontrer ses futurs alliés : Narancia Ghirga, Guido Mista, Leone Abbachio et Pannacota Fugo qui ont pour leader Bucciarati.

C'est après quelques péripéties que Giorno et sa bande reçurent une mission de la part du Boss de Passionne dont personne ne connait la véritable identité : protéger sa fille, Trish Una, des membres mutins voulant découvrir son identité afin de prendre sa place. S'en suit alors plusieurs combats entre le camp de Giorno et le groupe de traîtres. Mais quel mystère cache l'énigmatique parrain pour lequel tout le monde se bat?

En 1999, Jotaro Kujo est de passage dans la ville de Morioh dans le but de retrouver le fils illégitime de son grand père Joseph Joestar, Josuke Higashikata, un jeune lycéen possédant un stand depuis ses 4 ans suite à une dangereuse poussée de fièvre. Cependant, Morioh n'est pas une ville comme les autres, en son sein naissent bon nombre de manieurs de stand à cause de l'usage d'un puissant artefact, L'arc et la flèche. Sous la menace de tueurs en série et soumis à la malédiction des manieurs de stands, Josuke et ses amis devront combattre.

Entre puissants ennemis tués et d'autres devenus alliés, la menace d'un tueur en série qui sévit depuis 15 ans refait surface par l'intermédiaire du fantôme de sa première victime Sugimoto Reimi. Dès lors, Josuke, Jotaro, Okuyasu, Koichi et Rohan se mettront à la recherche de ce tueur si bien caché depuis tout ce temps. 

Jotaro Kujo, jeune lycéen japonais est le petit-fils de Joseph Joestar. Volontairement en prison, il redoute les actions d'un "mauvais esprit" qui le possède. Apeurée, sa mère, Holy Kujo appelle son père Joseph à la rescousse. Ce dernier accompagné par Mohammed Abdul réussira à le faire sortir.

Ainsi, il peut lui expliquer qu'il a développé un pouvoir appelé "stand ", sorte de double psychique combatif doté de pouvoirs. Cependant, ce n'est pas la seule révélation que lui fait son grand-père. En effet, il s'avère que Dio Brando , l'ennemi de la lignée Joestar et de Jonathan a refait surface après un siècle de sommeil. Ce réveil aurait provoquer l'apparition de stand chez les membres de la famille Joestar dont Holy qui rejette ce pouvoir inconsciemment car trop douce de caractère.

Si Dio, l'origine de ce phénomène n'est pas éliminé d'ici 50 jours, Holy en succombera. C'est pourquoi Joseph, Jotaro, Abdul puis par la suite Noriaki Kakyoin et Jean Pierre Polnareff entameront un long périple du Japon jusqu'en Egypte en passant par de nombreux pays dans le but de tuer Dio. Mais ce dernier ne se laissera pas faire et enverra à la poursuite des héros de très nombreux assassins possédants tous, eux aussi, des stands.

50 années se sont passées depuis la mort de Jonathan Joestar.

Cependant sa lignée a perduré : son enfant avec Erina, Georges Joestar mort pendant la guerre a eu lui aussi un fils, Joseph Joestar, élevé par Erina suite à la mort de ses parents.

Joseph, d'un tempérament assez trempé, tête de mule et très rusé, hérita du talent de l'Onde appris par Jonathan, seule arme efficace contre les vampires créés à partir du masque de pierre.

Lors d'une expédition de sa fondation, Speedwagon devenu très riche grâce au pétrole et accompagné par Straits, le dernier maître de l'Onde, découvre l'origine du masque de pierre et de ses créateurs, des hommes prisonniers dans des piliers. Cependant, Straits succomba au mal et utilisa un nouveau masque pour se transformer en vampire à la manière de Dio dans le but d'avoir la jeunesse éternelle. Décidé à éliminer la dernière menace existante face à son état de vampire en la personne de Joseph, dernier manieur de l'onde en vie, un combat acharné verra Jojo s'en sortir grâce à sa plus grande arme : sa ruse. Cependant, Straits n'était qu'une prémisse à une menace plus grande encore qui verra le jour avec le réveil des Hommes du Pilier, des êtres surclassant largement l'être humain.